缺血性脑卒中相关基因筛选和功能分析

目的分析缺血性脑卒中基因芯片数据,筛选出与缺血性脑卒中发病密切相关的基因。方法下载GEO数据库中有关缺血性脑卒中患者的数据,筛选出显著意义的差异表达基因,采用(DAVID)工具进行GO基因功能分析和(KEGG)通路富集分析,再应用STRING软件对差异表达基因构建蛋白-蛋白互作网络,使用Cytoscape软件分析和找寻与缺血性脑卒中发病相关的基因。结果检索到GSE22255和GSE16561两个缺血性脑卒中的数据集,共有99个外周血标本。以P<0. 05,差异倍数>1. 0倍为条件筛选差异表达基因,共得到61个差异表达基因,其中表达上调58个,下调3个。GO功能注释显示这些差异表达基因主要参与炎症反应、免疫反应、中性粒细胞趋化生物过程;主要分子功能为化学因子活性、蛋白结合、细胞因子活性等; KEGG通路显示这些差异表达基因主要参与类风湿性关节炎通路、肿瘤坏死因子通路、Toll样受体通路。蛋白-蛋白互作网络和Cytoscape分析显示人类白细胞抗原(HLA)-DRB1、肽酰基精氨酸脱亚胺酶(PADI) 4、IgG-Fc片段低亲和力受体(FCGR) 3B、肿瘤坏死因子(TNF)、细胞因子信号抑制物(SOCS) 3在缺血性脑卒中发病中与其他差异表达基因关联度最高。结论缺血性脑卒中发病过程中伴随着多个基因的差异表达,这些基因参与了多种细胞功能和信号通路,其中HLA-DRB1、PADI4、FCGR3B等与缺血性脑卒中的发病密切相关。