不同分析软件对长白猪背膘厚差异表达基因鉴定结果的比较

为了选择出更加合适的基因差异表达分析工具,本研究以长白母猪肝脏组织的转录组数据为依据,对EdgeR、Limma、DESeq23种基因差异表达分析常用工具进行差异基因筛选能力分析,并结合KEGG通路分析结果对其性能进行综合评价。结果表明EdgeR筛选到差异表达基因数目最多,DESeq2最少,3种工具KEGG通路富集结果相似。最终得出结论为:3种分析工具都有筛选到研究所需目的基因的能力,EdgeR寻找到差异基因数目最多,但假阳性也多;DESeq2对差异基因筛选比较保守,因此筛选到的差异基因数目最少。在后续转录组数据分析中应该根据研究内容及目的等因素选择合适的差异表达基因分析工具。