先天性心脏病永生性基因库的建立和相关基因研究

目的:整合miRNA和基因芯片数据,筛选与小儿法洛四联症相关的miRNA和调控的基因,并对靶标基因进行功能研究。方法从基因表达数据库GEO数据库中下载编号GSE35490(miRNA)和GSE35776(mRNA),两种数据均包含8个正常和16个患法洛四联症的婴儿细胞组织样本,筛选正常样本和疾病样本间特异性表达的miRNA和基因(P<0.05且FDR<0.05及差异值>2或<-2);从miRNA靶基因预测数据库Targetscan中下载人类所有miRNA以及它们的预测靶基因信息,从中筛选出本分析中找到的特异性表达的miRNA和它们的靶基因(prediction>0.9的记录),将数据库中找到的靶基因与分析找到的差异表达基因对应,挑选出差异表达miRNA调控的差异表达的基因,再利用string构建miRNA参与的基因共表达调控网络(共表达系数>0.5),并把网络中的基因上传至DAVID中做功能聚类分析(p value<0.05)。结果通过比较正常和病变样本,我们共得到了差异表达的miRNA 32个,差异表达的基因875个,根据Targetscan中miRNA以及靶基因信息,找到了差异表达的hsa-miR-124直接调控分析找到的34个差异表达基因,hsa-miR-138直接调控2个差异表达基因,构建了包含231对共表达基因对的miRNA调控网络,网络中基因功能显著地富集14个功能簇,最显著富集在蛋白质定位功能上。结论找到差异表达的miRNA hsa-miR-124和hsa-miR-138直接和间接调控的差异表达基因,得到两个miRNA参与的基因共表达网络,网络中的基因最显著富集在蛋白质定位功能上。