基于VAE-WGAN的蛋白质序列生成研究

本文结合VAE和WGAN模型的优势,提出一个新的蛋白质生成模型VAE-WGAN。该模型由编码器、生成器、判别器三部分组成。采用VAE的编码器-生成器部分将输入的离散氨基酸序列转换为潜在空间连续表示的向量。同时,采用WGAN的生成器-判别器框架,解码器接受潜在表示的输入,判别器则进一步区分生成序列与自然序列之间的差异,并将该差异作为损失函数添加到重构损失中。实验表明VAE-WGAN综合了两者的优点,可生成序列一致性更高新蛋白质变体。