活动性结核病ceRNA网络构建及关键lncRNAs的鉴定

本研究旨在构建活动性结核病的 ceRNA网络,确定的潜在的关键lncRNAs。方法 利用GEO数据库GSE54992的芯片表达数据,使用R 4.1.0进行分析。通过limma包在9个TB和6个HC样本中筛选差异表达的lncRNAs和mRNAs。利用miRcode数据库预测与lncRNA相关的miRNA,进一步通过miRTarBase、TargetScan、miRDB预测与miRNA结合的靶基因,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,并通过ROC曲线验证lncRNA的诊断效率。结果 差异表达分析共筛选到1945个差异表达基因,其中68个为lncRNA。根据公共数据库预测结果,获得34个miRNAs和146个mRNAs用于构建ceRNA网络。T 细胞白血病/淋巴瘤6(T-cell leukemia/lymphoma 6,TCL6)、HCP5和AC083843.1被确定为ATB关键lncRNA。在验证集中进行ROC曲线分析,结果发现3个lncRNA对ATB均有较高的诊断效率。结论 TCL6、HCP5和AC083843.1可作为ATB的诊断标志物,可为今后研究TB的发生及分子机制提供新的思路。