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基因序列的真实EST匹配识别与外显子区鉴定 被引量：2

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摘要 在对部分已知基因序列与 EST 数据库比对搜索的匹配结果进行深入分析的基础上, 总结出了匹配程度检验、Gap 检验、包含性检验、长度检验等多种措施对 EST 匹配结果的真假进行判别, 并研制出了相应的分析软件 EDSAc1.0, 用于从基因序列的众多 EST 匹配中尽可能地筛选出真正相关的匹配.在此基础上, 该软件可进一步鉴定出基因序列中的外显子区域. 用标准测试数据集 HMR195 中的人类基因序列对其性能进行测试时, EDSAc1.0 鉴定出的蛋白编码区在核苷酸水平上的专一性 Sp 达到了0.997, 敏感度 Sn 达到了 0.88, 优于对国际同类软件 TAP 的对比测试结果. EDSAc1.0 已提供网上服务(http://infosci.hust.edu.cn).
作者 周艳红 井辉 李延恩 刘怀兰
机构地区 华中科技大学生物信息技术研究中心
出处 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第22期2305-2311,共7页 Chinese Science Bulletin
关键词 EST 基因序列 外显子 鉴定 子区 TAP 检验 匹配 软件 数据集
分类号 Q785 [生物学—分子生物学]
  • 相关文献

参考文献30

  • 1Adams M D, Kelley J M, Gocayne J D, et al. Complementary DNA sequencing: expressed sequence tags and human genome project. Science, 1991, 252(5013): 1651～1656
  • 2Benson D A, Karsch-Mizrachi I, Lipman D J, et al. GenBank: Update. Nucleic Acids Res, 2004, 32(Database issue): D23～D26
  • 3Hillier L D, Lennon G, Becker M, et al. Generation and analysis of 280,000 human expressed sequence tags. Genome Res, 1996, 6(9): 807～828
  • 4Boguski M S, Tolstoshev C M, Bassett D E Jr. Gene discovery in dbEST. Science, 1994, 265(5181): 1993-1994
  • 5Vitt U, Gietzen D, Stevens K, et al. Identification of candidate disease genes by EST alignments, synteny, and expression and verification of Ensembl genes on rat chromosome 1q43-54. Genome Res, 2004, 14(4): 640～650
  • 6Lizotte-Waniewski M, Tawe W, Guiliano D B, et al. Identification of potential vaccine and drug target candidates by expressed sequence tag analysis and immunoscreening of Onchocerca volvulus larval cDNA libraries. Infect Immun, 2000, 68(6): 3491～3501
  • 7Brett D, Hanke J, Lehmann G, et al. EST comparison indicates 38% of human mRNAs contain possible alternative splice forms. FEBS Lett, 2000, 474(1): 83～86
  • 8Mironov A A, Fickett J W, Gelfand M S. Frequent alternative splicing of human genes. Genome Res, 1999, 9(12): 1288～1293
  • 9Buetow K H, Edmonson M N, Cassidy A B. Reliable identification of large numbers of candidate SNPs from public EST data. Nat Genet, 1999, 21(3): 323～325
  • 10Sorek R, Safer H M. A novel algorithm for computational identification of contaminated EST libraries. Nucleic Acids Res, 2003, 31(3): 1067～1074

二级参考文献2

  • 1Burset M Guigó R.Evaluation of gene structure prediction programs[J].Genomics,1996,34(3):353-367.
  • 2Guigó R.Assembling genes from predicted exons in linear time with dynamic programming[J].J Comput Biol,1998,5(4):681-702.

共引文献6

同被引文献33

  • 1郭新红,刘少军,颜金鹏,刘筠.异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和它们父母本线粒体DNA12SrRNA基因遗传变异的分析[J].遗传,2004,26(6):875-880. 被引量：12
  • 2赵宏亮,冯仁军,苏伟,徐碧玉,金志强.香蕉中Maasr1基因的生物信息学分析[J].生物技术通讯,2006,17(3):336-340. 被引量：8
  • 3曾琛,陶敏,刘少军,刘季芳.不同倍性鱼cdc2基因cDNA部分序列的克隆及其在卵巢中的表达分析[J].湖南师范大学自然科学学报,2006,29(3):73-76. 被引量：3
  • 4Liu Oiang, Kasuga Mie, Sakuma Yoh, et al. Two transcription factors, DREB1 and DREB2, with an EREBP/AP2 DNA binding domain separate two cellular signal transduction pathways in drought- and low-temperature-responsive gene expression, respectively, in Arabidopsis. The Plant Cell, 1998, 10(8): 1391-1406.
  • 5Kasuga Mie, Liu Q, Miura S, et al. Improving plant drought, salt, and freezing tolerance by gene transfer of a single stress-inducible transcription factor. Nature Biotechnology 1999, 17(3): 287-291.
  • 6Madera Martin, Vogel Christine, Kummerfeld Sarah K, et al. The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements. Nucleic Acids Research, 2004, 32(Database issue): D235-D239.
  • 7Thara Venkatappa K, Tang Xiaoyan, Gu Yong O, et al. Pseudomonas syringae pv romeo induces the expression of tomato EREBP-like genes Pti4 and Pti5 independent of ethylene, salicylate and jasmonate. The Plant Journal, 1999, 20(4): 475-483.
  • 8Gu Yong-Oiang, Yang Caimei, Thara Venkatappa K, et al. Pti4 is induced by ethylene and salicylic acid, and its product is phosphorylatedby the Pto kinase. The Plant Cell, 2000, 12(5): 771-785.
  • 9Kizis Dimosthenis, Pages Montserrat. Maize DRE-binding proteins DBF1 and DBF2 are involved in rab17 regulation through the drought-responsive element in an ABA-dependent pathway. The Plant Journal, 2002, 30(6): 679-689.
  • 10Nakano Toshitsugu, Suzuki Kaoru, Fujimura Tatsuhito, et al. Genome-wide analysis of the ERF gene family in arabidopsis and rice. Plant Physiology, 2006, 140(2): 411-432.

引证文献2

二级引证文献6

科学通报
2004年 第22期

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