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基于XML的生物代谢Petri网模型的标准化

Standardization of Biological Metabolic Petri Nets Model based on XML
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摘要 针对分析生物代谢网络的需要 ,构建了生物代谢Petri网模型建模环境 ,并采用基于XML的Petri网标记语言PNML为标准 ,利用DOM实现XML解析 ,完成Petri网模型的标准化 ,通过对代谢网络Petri网模型实例的仿真 ,验证了标准化模型的正确性。 To analyze biological metabolic networks, the standardization of biological Petri Nets model is accomplished with the construction of a Petri Nets modeling environment. In the standardization, Petri Nets Markup Language (PNML) is adopted as standards, and Document Object Model(DOM) is used to parse XML. For validation, the standardization for biological Petri Nets model is evaluated with computational simulation, which exhibits consistence with classic biological theory.
出处 《计算机与数字工程》 2005年第1期17-20,共4页 Computer & Digital Engineering
基金 国家自然科学基金 (编号 :30 170 30 6 ) 国家 86 3高技术研究发展计划 (编号 :2 0 0 2AA2 340 5 1)
关键词 PETRI网 生物代谢 PNML XML DOM Petri Nets, Biological Metabolism, PNML, XML, DOM
  • 相关文献

参考文献5

  • 1沈同 王镜岩 等.生物化学[M].北京:高等教育出版社,1991.79-108.
  • 2袁崇义.Petri网[M].电子工业出版社,1998..
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  • 4Bernhard Palsson. The challenges of in silico biology[J ]. Nature Biotech, 2000, Vol. 18: 1147- 1150.
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共引文献56

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