DNA序列中限制酶切割位点的分布

Distributions of Restriction Endonuclease Recognition Sites in DNA Sequences

本文以人类、小鼠、大鼠和病毒基因组中的DNA序列为材料,分析了其中40种Ⅱ型限制性核酸内切酶识认位点的数量和分布情况,发现人鼠序列中绝大多数酶的切点数量可以通过序列中单核苷酸或双核苷酸的频率来预测,而切点在序列上的分布也是随机的。例外的情况是人鼠序列中酶EcoRⅡ(识认CCWGG)和MnlⅠ(CCTC)的切点显著偏多,而DpnI(GATC)的切点显著偏少;MnlⅠ的切点倾向于聚集一处,病毒基因组中酶切位点也基本上是随机分布,但基因组间差异很大,跟人鼠序列差别也大,特别是噬菌体T7中有多达17种酶的切点显著偏少。文中讨论了所得结果对构建限制酶切图谱的理论计算以及对限制酶显带机理的意义,特别指出显带过程在酶的切点达到所要求的浓度时,跟酶的识认片段的专一性、酶切位点的数量都没有关系,而取决于染色体不同区段抵抗酶切破坏的能力。