摘要
文章提出了一新的算法,利用粒子群优化算法求解多序列比对的问题,这是粒子群优化算法在生物信息学方面的一个新的应用。文章从粒子群算法的原理和多序列比对问题模型入手,来提出怎样改造粒子群优化算法使其可以解决多序列比对问题,最后给出利用粒子群优化算法求解多序列比对的算法,及其测试结果。
This paper introduces a new algorithm:the particle swarm optimization(PSO)for solving the problem of sequence alignment.It is a new attempt that PSO in the bioinformatics applied field.Take the multiple sequence alignment model,An algorithm of a kind of special particle swarm optimization is constructed and don't change the characters and advantages of PSO.Finally,The paper introduces the MSAPSO(Multiple Sequence Alignment PSO)and the test result.
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2005年第18期84-87,共4页
Computer Engineering and Applications
关键词
生物信息学
双序列比对
多序列比对
粒子群优化算法
bioinformatics,pairwise alignment,multiple sequence alignment,particle swarm optimisation