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时间延迟基因调控网络重构的决策树方法研究 被引量：2

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摘要 基因调控网络的重构是功能基因组中最具挑战性的课题之一．针对基因间转录调控的时间延迟性,提出了一种寻找时间延迟调控关系的方法：多点延迟调控网络算法,简称TdGRN (time-delayed gene regulatory networking)。该方法根据时间序列基因表达谱数据,构建时间延迟基因表达矩阵,利用有监督决策树分类器方法和随机重排技术挖掘基因之间的时间延迟调控关系,从而构建时间延迟的基因调控网络．该方法是一种不依赖模型的基因网络重建方法,相对于目前采用的基于模型的网络重建方法有显著优势,可直接利用连续的基因表达谱数据发现延迟任一时间单位差的基因表达调控关系,并避免了目前一些研究方法中需要人为设定基因的最大调控子数目(k)的问题．将该方法应用于酿酒酵母细胞周期的基因表达谱数据,并构建时间延迟的基因调控网络,结果发现多数时间延迟调控关系获得了已有知识的支持．
作者 姜伟 李霞 郭政 李传星 王丽虹 饶绍奇
机构地区 哈尔滨医科大学生物信息学系 哈尔滨工业大学计算机学院 同济大学生命科学与技术学院 首都医科大学生物医学工程学院 Departments of Cardiovascular Medicine and Molecular Cardiology
出处 《中国科学（C辑）》 CSCD 北大核心 2005年第6期565-573,共9页 Science in China(Series C)
基金 "863"计划(批准号:2003AA2Z2051) 国家自然科学基金(批准号:30170515 30370798 30571034 & 30570424) 黑龙江科技攻关(批准号:GB03C602-4) 黑龙江自然科学基金(批准号:F0177 1055HG009) 哈尔滨医科大学211工程"十五"建设项目资助
关键词 基因调控网络 时间延迟 决策树分类器
分类号 Q75 [生物学—分子生物学]
  • 相关文献

参考文献24

  • 1Tobin F L, Damian-lordache V, Greller L D. Towards the reconstruction of gene regulatory networks. MSM 99, 1999:49-52.
  • 2D'Haeseleer P, Wen X, Fuhrman S, et al. Linear modeling of mRNA expression levels during CNS development and injury. Pac Symp Biocomput, 1999:41-52.
  • 3Xu H, Wu P, Wu C F, et al. A smooth response surface algorithm for constructing a gene regulatory network. Physiol Genomics,2002, 11: 11 -20.
  • 4Silvescu A, Honavar V. Temporal boolean network models of genetic networks and their inference from gene expression time series. Complex Systems, 2001, 13:54-75.
  • 5Liang S, Fuhrman S, Somogyi R. Reveal, a general reverse engineering algorithm for inference of genetic network architectures.Pac Syrup Biocomput, 1998:18-29.
  • 6Akutsu T, Miyano S, Kuhara S. Identification of genetic networks from a small number of gene expression patterns under the Boolean network model. Pac Symp Biocomput, 1999:17-28.
  • 7Pe'er D, Regev A, Elidan G, et al. Inferring subnetworks from perturbed expression profiles. Bioinformatics, 2001, 17(Suppl 1):S215-224.
  • 8Hartemink A J, Gifford D K, Jaakkola T S, et al. Combining location and expression data for principled discovery of genetic regulatory network models. Pac Symp Biocomput, 2002:437-449.
  • 9van Someren E E Wessels L F, Reinders M J. Linear modeling of genetic networks from experimental data. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 2000, 8:355-366.
  • 10Soinov L A, Krestyaninova M A, Brazma A. Towards reconstruction of gene networks from expression data by supervised learning.Genome Biol, 2003, 4:R6.

同被引文献23

  • 1陈竺.系统生物学——21世纪医学和生物学发展的核心驱动力[J].世界科学,2005,27(3):2-6. 被引量：69
  • 2浜岛信之,韩少良.癌的化学预防与基因多型性[J].日本医学介绍,2006,27(1):27-29. 被引量：1
  • 3方陵生.老鼠实验探索人类疾病奥秘[J].世界科学,2007(7):11-13. 被引量：3
  • 4[2]崔允文,唐佐青,张瑾峰.发育生物学的明天[C].2006年全国时间生物医学学术会议(苏州),2006.256-259.
  • 5[9]约翰?布里格斯,F?戴维?皮特.混浊七鉴[M].上海科技教育出版社,2001.7.
  • 6[10]张建树,管忠,于学文.混浊生物学[M].第二版.科学出版社,2006.
  • 7朱伟勇,王琰,王德佳.生命过程中混浊与分形的哲学意义[J].科学(中文版),2008,(8):43-45.
  • 8John Buckeridge,张知彬.整合:动物学的未来方向[J].科学时报,2006,.
  • 9Haeseleer P D, Liang P, Fuhrman S, et al. Genetic Network Inference: from Co-expression Clustering to Reverse Engineering[J]. Bioinformatics, 2000, 16 (8): 707-726.
  • 10Friedman N, Linial M, Naehman D I. Using Bayesian Network to Analyze Expression Data[J]. J Comput Biol, 2000, 7 (1): 601-620.

引证文献2

二级引证文献2

中国科学（C辑）
2005年 第6期

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