期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息

新氨基酸拓扑描述子得分矢量及支持向量机用于肽定量序列-迁移预测

原文传递
导出
摘要 收集了23种氨基酸1262种结构信息,经主成分分析得新的-氨基酸拓扑描述子得分(SATD)矢量.将其用于125个不同长度肽的结构表征,分别以支持向量机(SVM)和偏最小二乘(PLS)建立肽定量序列-迁移模型(QSMM).结果表明,SATD描述子所含信息量大,易于操作,能较好地表征125个肽结构.与PLS相比,SVM在对电泳迁移率建模预测中表现出较强的拟合能力和良好的预测能力.
作者 梁桂兆 梅虎 杨善彬 周原 周鹏 李志良
机构地区 重庆大学化学化工学院 湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室
出处 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第14期1644-1648,共5页 Chinese Science Bulletin
基金 重庆市应用基础基金(批准号:01-3-6) 湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室基金资助项目.
关键词 氨基酸 SATD 电泳迁移率 QSMM SVM
分类号 O621.13 [理学—有机化学]
  • 相关文献

参考文献25

  • 1Hellberg S,Sjostrom M,Skagerberg B,et al.Peptide quantitative structure-activity relationships,a multivariate approach.J Med Chem,1987,30:1126-1135
  • 2Mei H,Zhou Y,Li S Z,et al.A new set of amino acid descriptors and its application in peptide QSARs.Biopolymers(Peptide Sci),2005,80(6):775-786
  • 3Cortes C,Vapnik V.Support vector networks.Machine Learning,1995,20:273-293
  • 4Tdeschini R,Consonni V.Handbook of molecular descriptors.Weinheim:Wiley-VCH,2000
  • 5Gilvez J,Garcia R,Salabert M T,et al.Charge indexes:new topological descriptors.J Chem Inf Comput Sci,1994,34:520-525
  • 6Rucker G,Rucker C.Counts of all walks as atomic and molecular descriptors.J Chem Inf Comput Sci,1993,33:683-695
  • 7Balaban A T,Ciubotariu D,Medeleanu M.Topological indices and real number vertex invariants based on graph eigenvalues or eigenvectors.J Chem Inf Comput Sci,1991,31:517-523
  • 8Diudea M V,Horvath D,Graovac A.Molecular topology.15.3D distance matrices and related topological indices.J Chem Inf Comput Sci,1995,35:129-135
  • 9Randic M,Kleiner A F,DeAlba L M.Distance/distance matrices.J Chem Inf Comput Sci,1994,34:277-286
  • 10Schuur J H,Selzer P,Gasteiger J.The coding of the three-dimen-sional structure of molecules by molecular transforms and its application to structure-spectra correlations and studies of biological activity.J Chem Inf Comput Sci,1996,36:334-344

二级参考文献42

  • 1Liu S, Cao C, Li Z. Approach to estimation and prediction for normal boiling points of alkanes based on a molecular distance-edge vector (MDE). J Chem lnf Comput Sci, 1998, 38(3):387～394.
  • 2Liu S, Liu H, Li Z. Molecular distance-edge vector (μ): an extension from alkanes to alcohols. J Chem Inf Comput Sci,1999, 39(6): 951～957.
  • 3Liu S S, Liu H L, Li Z L. Molecular Distance-Edge Vector (μ)and Chromatographic Retention Index of Alkanes. J Chin　Chem Soc, 2000, 47(3): 455～460.
  • 4Liu S, Yin C, Li Z. Molecular structural vector description and retention index of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs).Chemom Intell Lab Syst, 2002, 61:3～15.
  • 5Fletcher C L, McKay W A. Polychlorinated dibenzo-pdioxins PCDDs and debenzofurans PCDFs in the aquatic environment-a literature review. Chemosphere, 1993, 26, 1041～1069.
  • 6Hites R A. Environmental behavior of chlorinated dioxins and furans. Acc Chem Res. 1990, 23:194～201.
  • 7Hollaway T T, Fairless B J, Freidline C E, et al. Performance of gas chromatographic-matrix isolation-Fourier transform infrared spectrometer. Appl Spectrosc, 1988, 42:359～368.
  • 8Buchert H, Ballschmiter K. Polychlorodibenzofurans PCDF and dioxins PCDD as part of the general pollution in environmental　samples of urban areas. Chemosphere, 1986, 15, 1923～1926.
  • 9Donnelly J R, Munslow W D, Mitchum R K, et al. Correlation of structure with retention index for chlorinated dibenzo-p-dioxins. J Chromatogr, 1987: 392:51～63.
  • 10Kovats E. Gas-chromatographische charakterisierung organischer verbindungen. Helvetica Chimica Acta, 1958, 41 : 1915～1932.

共引文献37

科学通报
2006年 第14期

相关作者

内容加载中请稍等...

相关机构

内容加载中请稍等...

相关主题

内容加载中请稍等...

浏览历史

内容加载中请稍等...
;
使用帮助 返回顶部