伪狂犬病病毒基因组密码子用法特点分析

Analysis of characteristic codon usage in pseudorabies virus genome

本文根据GenBank收录的伪狂犬病病毒基因组序列,应用CHIPS、CUSP和CodonW在线程序,分别计算了伪狂犬病病毒基因组序列中各编码序列的有效密码子数目(ENc)、编码同一氨基酸的不同密码子的使用频率(Fract)和GC含量及GC3S含量。研究结果证实伪狂犬病病毒对一些密码子的使用存在明显的偏爱性,且主要偏爱于使用以G和C结尾的密码子;GC含量及GC3S含量分析表明,伪狂犬病的编码序列GC含量偏高,平均高达74.9%,特别是密码子的第三位碱基GC含量平均高达93.7%,分析认为GC3S含量可能是促使PRV密码子偏向性形成的原因之一。

The PRV whole coding cDNA sequence （CDS） retrieved from GenBank was analysised for effective numbers codon （ENc）, the faction of all amino acids coded for by the codon triplet （fract）, GC content and GC3S content respectively using three online-soft-wares： CHIPS, CUSP and CodonW. Results showed that PRV biases remarkably the use of codons that ended with G and C. The average GC content of the whole coding cDNA sequence and at the third position （GC3S） is 74.9 % and 93.7 %, respectively. The result indicates that GC3S content are the main factor shaping codon usage in PRV genome,