没有土地初始登记不能作土地变更登记

问：因债务关系，乙某将甲某上诉至人民法院，甲某得知后潜逃。法院遂判将甲某位于城关镇某村委会的一处房屋拍卖用来偿还债务。但在执行过程中发现，甲某的房产及土地使用权（集体所有）均未进行登记。于是人民法院执行庭向国土管理部门下达了协办通知，要求国土部门给甲土地使用权先行登记，然后进行拍卖以偿还乙的债务。对此，我们有几个问题希望能够得到释疑：1请问法院能否对未登记的土地使用权直接进行拍卖（或其他方式）处理，然后再由受地者（凭法院的判决书等）到国土管理部门申请登记？2按照《土地登记规则》第九条规定，土地登记必须由土地使用者或者土地使用者授权委托代理人申请办理，如今甲已经潜逃，那么法院要求国土部门对该宗地进行登记是否得当？我们应该如何处理？法院能否指定代理人申请，如果能又应该如何处理？3、按照《土地管理法》第六十三条规定“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设”，法院将甲的集体土地使用权拍卖显然与此条法律规定相悖，那么国土部门该怎么处理这件事情？