靶向人Ku70 mRNA反义核苷酸的优化设计与筛选

Design and selection of antisense nucleotide targeting on human Ku70 mRNA

目的:联合应用RNAdraw和Sfold软件设计并筛选低毒且高效抑制Hela细胞Ku70 mRNA表达的反义寡核苷酸。方法:从GenBank获得人Ku70 mRNA全序列,联合应用RNAdraw与Sfold软件,根据最小自由能原理设计多条20 nt的反义寡核苷酸,脂质体转染后MTT法检测其非序列特异性细胞毒性,选择毒性最小者并转染Hela细胞,RT-PCR检测转染前后Ku70 mRNA的表达水平并进行比较。结果:靶向Ku70 mRNA设计6条20 nt的反义寡核苷酸,其中NO.1序列非特异性毒性最低,对Hela细胞的生长抑制率(50、100和200 nmol.L-1浓度组分别为4.8%、9.5%和10.2%)与脂质体组比较差异无显著性(P>0.05),用毒性最低序列转染Hela细胞后使Ku70 mRNA表达水平显著降低(P<0.01),条带强度和面积与未转染组比较分别下降81.6%和77.6%。结论:联合应用计算机软件RNAdraw和Sfold对设计反义核酸有较大的指导意义,能实现较高的命中率,设计的反义寡核苷酸能有效抑制Hela细胞Ku70mRNA的表达。