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氨基酸0D-3D信息得分矢量用于人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析

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摘要 收集天然氨基酸的1369种0D-3D结构信息参数,经主成分分析得一组新氨基酸描述子—氨基酸0D-3D信息得分矢量,将其用于人免疫缺陷病毒蛋白酶(HIVPR)裂解位点预测,以线性判别分析与支持向量机建模预测HIVPR裂解位点.线性判别分析与支持向量机模型对646个训练集样本的自检验识别、留一法交互验证及对100个测试集样本外部验证的马休斯相关系数分别为0.879和0.911,0.849和0.901,0.822和0.846.经受试者操作特征曲线分析表明,支持向量机对HIVPR裂解位点的预测结果优于线性判别分析.研究显示,氨基酸0D-3D信息得分矢量可进一步用于HIVPR裂解位点预测.
作者 康丽芳 梁桂兆 舒茂 杨善彬 李志良
机构地区 重庆大学生物工程学院 重庆大学化学化工学院
出处 《中国科学（B辑）》 CSCD 北大核心 2008年第7期607-612,共6页 Science in China(Series B)
基金 国家高技术研究发展计划(863计划)(批准号:2006AA02Z312) 重庆大学研究生创新团队项目科技创新基金(批准号:200711C1A0010260)资助项目
关键词 氨基酸0D-3D信息得分矢量 人免疫缺陷病毒蛋白酶(HIV PR) 线性判别分析(LDA) 支持向量机(SVM)
分类号 R91 [医药卫生—药学]
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参考文献27

  • 1Farmerie W G, Loeb D D, Casavant N C, Hutchison C A 3rd, Edgell M H, Swanstrom R. Expression and processing of the AIDS vires reverse transcriptase in Escherichia coli. Science, 1987, 236(4799): 305--308.
  • 2Kohl N E, Emini E A, Schleif W A, Davis L J, Heimbach J C, Dixon R A F, Scolnick E M, Sigal I S. Active human immunodeficiency virus protease is required for viral infectivity. Proc Natl Acad Sci USA, 1988, 85:4686--4690.
  • 3You L, Garwicz D, Rognvaldsson T. Comprehensive bioinformatics analysis of the specificity of human immunodeficiency virus type1 protease. J Virol, 2005, 79:12477--12486.
  • 4Schechter I, Berger A. On the size of the active site in proteases. Biochem Biophys Res Commun, 1967, 27:157--162.
  • 5Chou KC. Review: Prediction of HIV protease cleavage sites in proteins. Anal Biochem, 1996, 233:1--14.
  • 6Poorman R A, Tomasselli A G, Heinrikson R L, Kezdy F J. A cumulative specificity model for protease from human immunodeficiency virus types 1 and 2, inferred from statistical analysis of an extended substrate data base. J Biol Chem, 1991, 22:14554--14561.
  • 7Cai Y D, Chou K C. Artificial neural network model for predicting HIV protease cleavage sites in protein. Adv Eng Software, 1998, 29(2): 119--128.
  • 8Narayanan A, Wu X, Yang Z R. Mining viral protease data to extract cleavage knowledge. Bioinformafics, 2002, 18:S5--S13.
  • 9Liang G Z, Li Z L. A new sequence representation as applied in better specificity elucidation for human immunodeficiency virus type 1 protease. Biopolymers (Pept. Sci.), 2007, 88(3): 401--412.
  • 10Thomson R, Hodgman T C, Yang Z R, Doyle A K. Characterizing proteolytic cleavage site activity using bio-basis function neural networks. Bioinformatics, 2003, 19:1741--1747.
中国科学（B辑）
2008年 第7期

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