期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息

基于相对熵的蛋白质折叠研究方法的改进

原文传递
导出
摘要 在本课题组以前的工作中,通过优化相对熵函数来预测蛋白质主链的三维结构取得了较好的结果.但是在该方法中接触势的系综平均值采用了一个估计值,为了使基于相对熵的蛋白质结构预测方法在理论上更加完善,该文基于统计热力学微扰理论,提出了一种新的接触势系综平均值的计算方法.选取12个蛋白质对该方法进行了测试,预测结构相对于天然结构的均方根偏差(RMSD)在0.40～0.60nm之间.与接触势的系综平均值采用估计值的方法相比,平均预测精度提高了0.04nm.
作者 齐立省 苏计国 陈慰祖 王存新
机构地区 北京工业大学生命科学与生物工程学院 燕山大学理学院
出处 《中国科学（G辑）》 CSCD 北大核心 2009年第4期549-555,共7页
基金 国家自然科学基金(批准号:10574009) 北京市自然科学基金(编号:5072002)资助项目
关键词 蛋白质折叠 相对熵 优化方法 热力学微扰
分类号 Q51 [生物学—生物化学]
  • 相关文献

参考文献24

  • 1Johnson M S, Srinivasan N, Sowdhamini R, et al. Knowledge-based protein modeling. Crit Rev Biochem Mol Biol, 1994, 29(1): 1-68
  • 2Sternberg M J, Bates P A, Kelley L A, et al. Progress in protein structure prediction: Assessment of CASP3. Curr Opin Struct Biol, 1999, 9(3): 368-373
  • 3Hardin C, Pogorelov T V, Luthey-Schulten Z. Ab inido protein structure prediction. Curr Opin Struct Biol, 2002, 12(2): 176-181
  • 4Fischer D, Rice D W, Bowie J U, et al. Assigning amino acid sequences to 3D protein folds. FASEB J, 1996, 10(1): 126-136
  • 5Huber T, Russell A J, Ayers D, et al. Sausage: Protein threading with flexible force fields. Bioinformatics, 1999, 15(12): 1064-1065
  • 6Venclocas C, Zemla A, Fidelis K, et al. Some measures of comparative performance in the three CASPs. Proteins Suppl, 1999, 3: 231- 237
  • 7Anfinsen C B. Principles that govern the folding of protein chains. Science, 1973, 181 (96): 223-230
  • 8Duan Y, Kollman P A. Pathways to a protein folding intermediate observed in a 1-microsecond simulation in aqueous solution. Science, 1998, 282(5389): 740-744
  • 9Lei H, Duan Y. Two-stage folding of HP-35 from Ab initio simulations. J Mol Biol, 2007, 370(4): 196-206
  • 10Duan Y, Kollman P A. Computational protein folding: From lattice to all-atom. IBM Syst J, 2001, 40(2): 297-309

二级参考文献33

  • 1刘赟,王宝翰,王存新,陈慰祖.A new approach for protein design based on the relative entropy[J].Science China(Physics,Mechanics & Astronomy),2003,46(6):659-669. 被引量：5
  • 2Moult J,Hubbard T,Fidelis K,Pedersen J T.Proteins Suppl.,1999,3:2.
  • 3Venclovas C,Zemla A,Feddis K,Moult J.Proteins Supp1.,1999,3:231.
  • 4Anfinsen C B.Science,1973,181:223.
  • 5Shakhnovich E I. Phys. Rev. Leu. , 1994, 72:3907.
  • 6Hinds D A, Levitt M. J. Mol, Biol., 1994, 243:668.
  • 7Zhou Y O. Karplus M. J. Mol. Biol., 1999, 293:917.
  • 8Huang E S, Samudrala R, Ponder J W. J. Mol. Biol. ,1999, 290:267.
  • 9Lee J, Liwo A, Scheraga H A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA,1999, 96:2025.
  • 10(a) Miyazawa S, Jernigan R L. Macromolecules, 1985,.18. 534.

共引文献12

中国科学（G辑）
2009年 第4期

相关作者

内容加载中请稍等...

相关机构

内容加载中请稍等...

相关主题

内容加载中请稍等...

浏览历史

内容加载中请稍等...
;
使用帮助 返回顶部