如何办理“退房”后的所有权“回复”登记

案例：2007年2月房地产开发公司甲和买受人乙签定商品房买卖合同，2008年5月乙将该房屋的所有权登记于自己名下。2008年8月因房屋渗水双方发生纠纷，后经协商，甲同意了乙的退房要求。2008年10月双方签定“退房协议”，并向房屋登记机构申请将该房所有权从乙名下“回复”至甲名下。对这种情形：房屋登记机构应依据何种登记程序进行登记？