基因芯片筛选食管鳞癌患者癌及切缘组织差异表达基因

Screening Differentially Expressed Genes for Esophageal Squamous Cell Cancer and Margin Tissues by Gene Chip

[目的]探讨食管鳞癌(ESCC)患者癌组织的基因表达谱,进一步寻找在ESCC及切缘组织中差异表达的基因。[方法]取3例无ESCC家族史患者癌及切缘组织等量混合,抽提RNA,将RNA逆转录合成相应cDNA,以Cy5和Cy3标记cDNA作为探针,在含有14000点人类基因组芯片(BiostarH-140s)上进行杂交。用scanarray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图象,用GenePix Pro3.0软件对扫描图象进行数字化处理和分析。[结果]依Ratio(cy5/cy3)>2.0或<0.5的数据项为差异表达的基因分别为1855个。含表达序列标签(EST)844个,下调基因378个,上调基因466个。在1011个已知功能的基因中,下调基因560个,上调基因451个。包含各类功能基因。同时与6例具家族史ESCC组织差异基因进行了初步分析,结果初步表明有和无家族史患者基因表达谱不完全相同。经与NCBI基因库比对,有8个基因相同,且异常表达与报道相符。[结论]基因芯片是一高效筛选食管癌相关基因的方法。在ESCC的发生、发展中,存在着大量异常表达基因。