期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息

人类基因组CpG岛甲基化概况的预测 被引量：6

原文传递
导出
摘要 CpG岛甲基化在细胞的各种生物过程中扮演着重要角色.开发了预测人类基因组CpG岛甲基化状态的计算模型,获得了目前最好的预测性能,并用此模型对人类全基因组的CpG岛甲基化状况进行了预测.根据预测结果,约31%的CpG岛处于甲基化状态,而位于启动子区的CpG岛则倾向于不被甲基化.染色体R带和G带中CpG岛的甲基化水平没有显著差异.基因启动子区内,不易被甲基化的CpG岛中RNA聚合酶的结合强度显著高于易被甲基化的CpG岛,表明包含不易被甲基化的CpG岛的启动子对应的基因具有更高的表达活性.
作者 凡时财 邹见效 徐红兵 张学工
机构地区 电子科技大学自动化工程学院 生物信息学教育部重点实验室
出处 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第14期1329-1334,共6页 Chinese Science Bulletin
基金 国家自然科学基金(30625012 60721003) 国家重点基础研究发展计划(2004CB518605)资助项目
关键词 DNA甲基化 CPG岛 预测模型 特征选择
分类号 Q78 [生物学—分子生物学]
  • 相关文献

参考文献36

  • 1Reik W, Dean W, Walter J. Epigenetic reprogramming in mammalian development. Science, 2001, 293:1089--1093.
  • 2Jones P A, Baylin S B. The fundamental role of epigenetic events in cancer. Nat Rev Genet, 2002, 3:415428.
  • 3Wang Y, Leung F C. An evaluation of new criteria for CpG islands in the human genome as gene markers. Bioinformatics, 2004, 20:1170--1177.
  • 4Bird A P. CpG islands as gene markers in the vertebrate nucleus. Trends Genet, 1987, 3:342--347.
  • 5Bird A. DNA methylation patterns and epigenetic memory. Genes Dev, 2002, 16:6--21.
  • 6Gardiner-Garden M, Frommer M. CpG islands in vertebrate genomes. J Mol Biol, 1987, 196:261--282.
  • 7Yamada Y, Watanabe H, Miura F, et al. A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 21q. Genome Res, 2004, 14:247--266.
  • 8Shen L, Kondo Y, Guo Y, et al. Genome-wide profiling of DNA methylation reveals a class of normally methylated CpG island promoters. PLoS Genet, 2007, 3:2023--2036.
  • 9Hanahan D, Weinberg R A. The hallmarks of cancer. Cell, 2000, 100:57--70.
  • 10Bock C, Walter J, Paulsen M, et al. CpG island mapping by epigenome prediction. PLoS Comput Biol, 2007, 3: el 10.

同被引文献44

  • 1张振标.现代中国人体质特征及其类型的分析[J].人类学学报,1988,7(4):314-323. 被引量：84
  • 2赵桐茂,张工梁,朱永明,郑素琴,刘鼎元,陈琦,章霞.免疫球蛋白同种异型Gm因子在四十个中国人群中的分布[J].人类学学报,1987,6(1):1-9. 被引量：42
  • 3陈廷瑜,余家树,钟山,李小平,吕江明,彭英福,罗家顺.中国土家族人群头面部软组织厚度的测量[J].中国法医学杂志,2005,20(4):213-215. 被引量：8
  • 4李辉.分子人类学所见历史上闽越族群的消失[J].广西民族大学学报（哲学社会科学版）,2007,29(2):42-47. 被引量：20
  • 5Bird A.DNA methylation patterns and epigenetic memory.Genes Dev,2002,16(1):6–21.
  • 6Tycko B.Epigenetic gene silencing in cancer.J Clin Invest,2000,105(4):40l–407.
  • 7Vanselow J,Yang W,Herrmann J,Zerbe1 H,Schuberth HJ,Petzl W,Tomek W,Seyfert HM.DNA-remethylation around a STAT5-binding enhancer in the αS1-casein promoter is associated with abrupt shutdown of αS1-casein synthesis during acute mastitis.J Mol Endocrinol,2006,37(3):463–477.
  • 8Yu Y,Zhang HM,Tian F,Zhang WS,Fang HB,Song JZ.An integrated epigenetic and genetic analysis of DNA methyltransferase genes (DNMTs) in tumor resistant and susceptible chicken lines.PLoS One,2008,3(7):e2672.
  • 9Koivula M,Mantysaari E A,Negussie E,Serenius T.Genetic and phenotypic relationships among milk yield and somatic cell count before and after clinical mastitis.J Dairy Sci,2005,88(5):827–833.
  • 10Schutz MM.Genetic evaluation of somatic cell scores for United States dairy cattle.J Dairy Sci,1994,77(7):2113– 2129.

引证文献6

二级引证文献45

科学通报
2010年 第14期

相关作者

内容加载中请稍等...

相关机构

内容加载中请稍等...

相关主题

内容加载中请稍等...

浏览历史

内容加载中请稍等...
;
使用帮助 返回顶部