新疆南部地方品种绵羊MSTN基因功能区的克隆及其蛋白二级结构和抗原表位的预测

为了确定新疆南部地方品种绵羊肌生成抑制素（MSTN）成熟蛋白的功能区及二级结构和B细胞抗原表位,根据GenBank中绵羊肌生成抑制素基因序列及其所编码蛋白质的序列,应用GenBank的Blast功能检索其蛋白的功能区,并设计引物克隆新疆南部地方品种绵羊MSTN功能区基因,进行序列测定。然后运用DNAStar软件和www.expasy.org在线服务器等生物信息学方法分析其蛋白的二级结构,并通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schulz法、Hopp＆Woods法、Welling法分别预测其抗原指数、亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原性等参数,并综合分析、预测该蛋白的B细胞抗原表位。结果表明：克隆出的MSTN功能区基因经测序和比对后与GenBank上Blast的结果相符。绵羊MSTN蛋白的B细胞抗原表位的优势区域最有可能的是肽链的301~305,321~323,331~333,343~344,346,354~356,358位肽段和氨基酸处。