劳动合同制职工不适用停薪留职

山东劳动保障编辑部:我公司是一国有大型企业,1996年底,公司实行全员劳动合同制度,大部分职工与公司依法协商签订了劳动合同。但是,对于原来与公司签订停薪留职协议的部分职工,由于多方面的原因,其与公司的劳动关系并没有得到妥善处理。目前,许多问题不断凸现出来,给公司的劳动管理带来诸多不便。请问,对于这部分职工,我们应该怎样处理?国家对于停薪留职有什么最新政策?盼复。