内部协议与工商登记不一致时股权份额怎么认定?

李晨律师：您好!2001年,本人与王某签署《合作协议》,约定两人共同出资50万元设立AAA有限公司,本人出资30万元,王某出资20万元,公司的经营期限为10年。公司申请设立手续均是由我委托经济城下属的企业登记代理公司办理的,我和王某均没有亲自签署公司章程,注册资本50万元最初是垫资完成的。