一株TT病毒中国分离株结构区全基因的克隆及序列测定

Cloning and sequencing of a Chines ecomplete TTV gene

目的 克隆和序列测定TT病毒 (TTV)中国分离株全基因。方法 采用长片段PCR技术从一例临床非甲 非庚型肝炎病人血清中扩增TTV全基因 ,获得 3个互相重叠的片段 ,分别长 199、3 2 69和 4 3 4bp。用标准的分子生物学方法测定这 3个片段的序列 ,从而得到全长TTV基因序列。结果 TTV中国分离株全基因长 3 73 9个核苷酸 ,含两个开放读码框架。第一个ORF位于 5 89至 2 90 1位核苷酸 ,编码 770个氨基酸 ;第二个ORF位于 10 7至 715位核苷酸 ,编码 2 0 2个氨基酸。在该基因A占3 1 2 4 % ,G占 2 2 2 5 % ,C占 2 5 5 4 % ,T占 2 0 97%。TTV中国分离株与日本分离株的核苷酸和氨基酸同源性均在 94 %以上。但在 13 80bp～ 180 0bp间 ,两株间核苷酸同源性为 88% ,氨基酸同源性仅为81%。该区段可能是一个内部高变区。结论 这一TTV中国株和日本株属同一个基因型。在ORF1区段内可能存在一个内部高变区。

Objective ToobtainthecompleteTTvirusgenefromaChineseisolate Methods Long PCRwasperformedforamplifyingtheTTVgenefromtheserumofaChinesewithnon Atonon Ghepatitis Three overlappedDNAfragmentswereobtained ,whichcontained 199bp ( 1 199) ,3 2 69bp ( 3 8～ 3 3 0 6)and 4 3 4bp ( 3 3 0 6～ 3 73 9)separately .ThesePCRproductsweresequencedbythestandardmethod Results Thecomplete TTVgene (namedasTTVCHN1)consistingof 3 73 9nucleotidescontainedtwoORFs ThefirstORFlocatedat 5 89～ 2 90 1nt,coding 770aminoacids;thesecondlocatedat 10 7～ 715nt,coding 2 0 2aminoacids Inthis genome,Gis 2 2 2 5 % ,C 2 5 5 4 % ,A 3 1 2 6%andT 2 0 97% ThehomologyofChineseandJapaneseTTV geneswasmorethan 94 %atbothnucleotideandaminoacidlevels Thereexistsahyper variationregion (HVR) spanningat13 80～ 180 0bp Inthisregion ,theHVRhomologyofChineseandJapaneseTTVgeneswas 88% and 81%atnucleotideandaminoacidlevels,respectively Conclusion ChineseandJapaneseTTVisolates belongtothesamegenotype Thereexistsahyper variationregion (HVR)spanningat13 80～ 180 0bp