擅自改变土地用途应如何处理

【案例】2002年12月，某市机械有限公司通过公开出让方式，取得一块国有建设用地使用权，面积为12499．5平方米，用途为住宅，出让金额为427万元。该公司于2005年4月和2006年4月分两次缴纳了50万出让金，并于2010年7月缴清了剩余的出让金和利息。同年8月，该公司申请办理土地用途为住宅的土地登记。