基于分子动力学模拟研究P53-DNA结合域单点突变对肽段的影响

肝细胞癌(HCC)是一种常见的恶性肿瘤,在全世界范围内造成的影响非常严重。实验证明,在HCC中约有50%的P53会发生突变,主要集中在R249位点上。但是,实验上还不能得到P53-DNA结合域残基突变时准确结构的动力学和热力学性质。而分子动力学模拟就是一个能在原子水平上研究这个体系的有力工具。在本文中,采用GROMACS软件包和43A1力场,分别对野生型wtP53肽段和单点突变型P53-R249S肽段进行2组独立的分子动力学模拟,每组体系模拟时间分别为300ns。通过分析模拟轨迹发现,单点突变型P53-R249S肽段的自由能较低,而野生型P53肽段有一个相对稳定的中间态结构;单点突变型P53-R249S肽段的中心构象含有α螺旋结构,而野生型P53肽段没有α螺旋结构,只有β片结构。该研究从原子水平上揭示单点突变型P53-R249S肽段和野生型P53肽段构象差异的动力学和热力学特性,有利于我们更好地理解P53残基突变引起肝细胞癌的微观致病机制。