协调难度加大 监督难度加大 协调成本增加 央地矛盾加剧 “超级大部”后的管理难题——“超级大部”内设机构的利益和权能协调

随着大部制改革的深化，过去的小部委变成了“超级大部门”的内设棚构，使得“超级大部门”的内部组织结构及它们之间的关系更加复杂，对内设机构的运行以及政府职能的实现带来了巨大的挑战。