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《中国药理学与毒理学杂志》在第三届中国学术期刊评价中被武汉大学中国科学评价研究中心（RCCSE）评为“中国权威学术期刊（A＋）”，名列我国2013—2014年学术期刊基础医学学科排行榜第1名。至此，《中国药理学与毒理学杂志》首次成为——国内权威期刊评价体系中的权威期刊。本刊曾在第二届中国学术期刊评价中被评为“RCCSE中国核心学术期刊（A）”，名列我国2011—2012年学术期刊基础医学学科排行榜第4名。