怎样办理房地“一并抵押”

2010年12月，A公司向农村商业银行申请借款70万元，双方约定借款期限一年。为担保借款，A公司将其评估价值为140万元的房地产抵押给该银行，其中土地评估价值为106万元，房屋评估价值为34万元。但在办理抵押登记的过程中，房管部门和国土部门出现分歧。