微生物分子生态学研究进展
摘要
微生物群落结构的多样性是微生物生态学研究的热点。由于研究技术的局限,对微生物群落结构和多样性的认识还不够全面,对微生物的功能和代谢机理了解还很少。但随着分子生物学技术的不断发展,使得对环境样品中许多不可培养的微生物的研究成为了可能。文章就微生物分子生态学的概念以及在微生物生态研究中所用到的主要技术进行了简要综述。
参考文献11
-
1徐晓宇,刘和.454测序法在环境微生物生态研究中的应用[J].生物技术通报,2010,26(1):73-77. 被引量:15
-
2P Parameswaran,R Jalili,L Tao.A pyrosequencing-tailored nucleotide barcode design unveils opportunities for large-scale sample multiplexing[].Nucleic Acids Research.2007
-
3Liu WT,Marsh TL,Cheng H,et al.Characterization of microbial diversity by determining terminal restriction fragment length polymorphisms of genes encoding 16S rRNA[].Applied and Environmental Microbiology.1997
-
4Muyzer G,Ellen C W,Andre G U.Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction genes coding for 16S rRNA[].Applied and Environmental Microbiology.1993
-
5Delong EF,Wickham GS,Pace NR.Phylogenetic stains: ribosomal RNA-based probes for the identification of single cells[].Science.1989
-
6Schmidt TM,DeLong EF,Pace NR.Analysis of a marine picoplankton community by 16S rRNA gene cloning and sequencing[].Journal of Bacteriology.1991
-
7Pace NR.A molecular view of microbial diversity and the biosphere[].Science.1997
-
8Heid CA,Stevens J,Livak KJ,et al.Real time quantitative PCR[].Genome Research.1996
-
9Thompson JR,Marcelino LA,Polz MF.Heteroduplexes in mixed-template amplifications: formation, consequence and elimination by ’reconditioning PCR’[].Nucleic Acids Research.2002
-
10Alegria A,Szczesny P,Mayo B,et al.Biodiversity in oscypek,atraditional polish cheese,determined by culture-dependent and-independent approaches[].Applied and Environmental Microbiology.2012
二级参考文献22
-
1Margulies M, Egholm M, Altman WE, et al. Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors. Nature, 2005 (437) : 376-380.
-
2Jarviel T,Harkins T. Metagenomics analysis using the genome sequencer FLX system. Nature Method,2007,4.
-
3Rothberg JM, Leamon JH. The development and impact of 454 sequencing. Nature Biotechnology,2008,26 : 1117-1124.
-
4Roesch LF, Fulthorpe RR, Riva A, Caseila G, et al. Pyrosequencing enumerates and contrasts soil microbial diversity. ISME J,2007,1 (4) :283-90.
-
5Urieh T,Lanzen A ,Qi J ,et aL Sitauhaneous assessment of soil microbial community structure and function through analysis of the meta- transcriptome. PLoS ONE,2008,3 (6) :2527.
-
6Leininger S, Urich T, Schloter M,et al. Archaea predominate among ammonia-oxidizing prokaryotes in soils. Nature,2006,442,806-809.
-
7Huber JA,Mark Welch DB, et al. Microbial population structures in the deep marine biosphere. Science,2007,318(5847) :97-100.
-
8Sogin ML, Morrison HG, Huber JA, et al. Microbial diversity in the deep sea and the underexplored" rare biosphere". Proc Natl Acad Sei USA ,2006,103 (32) : 12115-20.
-
9Palenik B, Ren Q, Tai V, et al. Coastal Synechococcus metagenome reveals major roles for horizontal gene transfer and plasmids in population diversity. Environ Microbiol,2009,11 (2) :349-359.
-
10Gilbert JA, Field D, Huang Y, et al. Detection of large numbers of novel sequences in the metatranscriptomes of complex marine microbial communities. PLoS ONE ,2008,3 ( 8 ) :3042.
共引文献14
-
1蔡晨秋,唐丽,龙春林.土壤微生物多样性及其研究方法综述[J].安徽农业科学,2011,39(28):17274-17276. 被引量:25
-
2吕昌勇,陈朝银,葛锋,刘迪秋,孔祥君.微生物分子生态学研究方法的新进展[J].中国生物工程杂志,2012,32(8):111-118. 被引量:17
-
3李倩,张明,马士龙,龚海燕,张卫.造纸废水生物处理高效菌种的筛选及鉴定[J].安徽农学通报,2012,18(19):30-31. 被引量:1
-
4陈丽萍,侯付景,张迪骏,何伟娜,周君,张春丹,童茜茜,王中华,李太武,苏秀榕.宁波沿海陆源排污口假单胞菌属(Pseudomonas)分布特点[J].海洋与湖沼,2013,44(4):926-930. 被引量:14
-
5焦晶凯,莫蓓红.Illumina MiSeq平台高覆盖率测定干酪中的细菌微生物多样性[J].中国酿造,2014,33(5):34-38. 被引量:22
-
6杜礼泉,罗惠波,黄治国,苟云凌,贺新生,王远成,饶家权,王晓刚.微生物群落相关技术在窖泥微生物研究中的应用[J].酿酒,2014,41(4):42-49. 被引量:8
-
7何伟娜,王中华,张迪骏,童茜茜,陈丽萍,周君,张春丹,苏秀榕.基于454测序技术研究宁波沿海陆源排污口希瓦氏菌属的时空分布[J].海洋环境科学,2014,33(6):896-901. 被引量:2
-
8杨帆,陈良强,罗汝叶,王和玉,汪地强,王莉.基于箱线图对大曲质量的判别分析[J].酿酒科技,2015(5):1-3. 被引量:7
-
9赵晓伟,丁君,窦妍,王梦鸽,常亚青.基于MiSeq测序技术分析红鳍东方鲀养殖环境菌群多样性[J].生态学杂志,2015,34(10):2965-2970. 被引量:19
-
10杨丽,殷婷婷,尹馨,顾笑赫,温洪宇.基于高通量测序的内蒙古姆州诺尔盐湖细菌群落组成分析[J].四川环境,2015,34(6):34-38. 被引量:4
-
1张高娜,张建梅,谷巍.微生物分子生态学研究进展[J].饲料广角,2013(20):24-25. 被引量:3
-
2张秀敏,王海祥,徐金娥.微生物分子生态学中的DNA研究方法[J].保定师范专科学校学报,2006,19(2):28-30. 被引量:2
-
3刘志培,杨惠芳.微生物分子生态学进展[综述][J].应用与环境生物学报,1999,5(S1):43-48. 被引量:8
-
4许科伟,周青.分子生物学技术在生物修复中的应用研究进展[J].生物技术通报,2009,25(2):68-72. 被引量:2
-
5邵冠军,吕杰,马媛.分子生态学技术应用于新疆环境微生物研究进展[J].安徽农业科学,2013,41(6):2394-2395. 被引量:1
-
6叶姜瑜,罗固源.未培养微生物的研究与微生物分子生态学的发展[J].微生物学通报,2004,31(5):111-115. 被引量:28
-
7周志华.微生物分子生态学与元基因组[J].中国生物学文摘,2007,21(6):1-2.
-
8吕昌勇,陈朝银,葛锋,刘迪秋,孔祥君.微生物分子生态学研究方法的新进展[J].中国生物工程杂志,2012,32(8):111-118. 被引量:17
-
9唐景春,吕宏虹,刘庆龙,朱文英.石油烃污染及修复过程中的微生物分子生态学研究进展[J].微生物学通报,2015,42(5):944-955. 被引量:19
-
10李晓然,吕毅,宫路路,柳陈坚.微生物分子生态学发展历史及研究现状[J].中国微生态学杂志,2012,24(4):366-369. 被引量:5