利用qPCR定量检测水体中猪源拟杆菌特异性生物标记的研究

Quantification of Swine-specific Bacteroidales in Water Using qPCR

以猪排泄物构建的污染水体为研究对象，通过寄主特异性引物识别水体中猪源拟杆菌16SrRNA基因的特异性基因标记（又称为特异性生物标记），并根据特异性生物标记的定量检测，确定粪便拟杆菌的污染量，以明确水体受猪场废水污染的程度。在比较3种不同DNA提取方法的基础上，选择并改进CTAB法，建立了一种适合提取水样中猪排泄物总DNA的改良CTAB法。3对不同猪源寄主特异性引物的特异性验证结果表明，引物3（Bac32F／Bacl08R）的特异性好，检出下限在4．09E＋02~1．60E＋03拷贝数之间，更适用于水体中猪源拟杆菌属特异性生物标记的检测。不同混合污水中其他寄主来源的拟杆菌对猪源拟杆菌属特异性生物标记无影响，表明该方法可排除其他寄主来源拟杆菌的干扰，具有很好的特异性。

Application of Bacteroidales 16S rRNA gene markers in the assessment of water pollution by swine wastewater was examined with quantitative real time polymerase chain reaction （qPCR）. An improved cetyl trimethyl ammonium bromide （CTAB） method was established for extracting total DNA from swine wastewater. Primer 3 （Bac32F/Bac 108R） showed higher specificity and lower detection limit（4.09E＋02- 1.60E＋03 copies） than others, and could be used to assess water pollution from swine wastewater.