期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息

基于改进的神经网络的RNA二级结构预测

下载PDF
导出
摘要 在生物信息学中,存在一个热点问题为RNA二级结构预测,通过计算机仿真模拟和数学建模计算来"预测"这些结构信息具有较好的参考价值以及可信度,能够节省大量的时间与成本.本文提出了免疫算法与Hopfield神经网络算法相结合的IA-DHNN算法对RNA二级结构进行预测.算法采用相似距离函数、IA算法及k均值算法对神经元的初始值进行优化,提高了全局搜索能力,能简单、快速规范的获得最优解.仿真结果表明,本算法能够有效的对RNA二级结构进行预测,有较好的的预测效果.
作者 林航 李金铭
机构地区 福建农林大学
出处 《赤峰学院学报（自然科学版）》 2014年第5期14-16,共3页 Journal of Chifeng University(Natural Science Edition)
关键词 RNA二级结构 免疫算法 HOPFIELD神经网络 预测
分类号 Q811 [生物学—生物工程]
  • 相关文献

参考文献15

  • 1林娟,钟一文,张骏.离散蛙跳算法预测RNA二级结构[J].南京师范大学学报（工程技术版）,2011,11(4):63-69. 被引量：2
  • 2邢种.RNA二级结构预测算法的研究[D].吉林大学,2012.
  • 3林娟,钟一文.改进的免疫粒子群优化算法预测RNA二级结构[J].计算机工程与应用,2012,48(1):40-43. 被引量：2
  • 4ZUKER M. On finding all suboptimal foldings of an RNA molecular [J]. Science, 1989, 244 (4900):48-52.
  • 5Ennysr. Durbar RNA Sequence Analysis using covariance models[J].Nucleic Acids Res.1994,22: 2079-2088.
  • 6Sakakbara Y,Browm M,Hugheryr.Recent meth- ods for RNA modeling using stochastic con-text-free grammars [C]. Grochemorem.Gusfidd D.Proceedings of the sikomar conference on combinatorial pattem matching Berlin:Springer- Verlag.1994,p:289-306.
  • 7Cai L, Malmberg R. L, Wu Y. Stochastic modeling of RNA pseudoknotted structures: a grammatical approach [J]. Bioinformatics.2003: 166-173.
  • 8HU Yuh-Jyh. Prediction of consensus struc- tural motifs in a family of coregulated RNA sequences [J]. Nucleic Acids Research , 2002 , 30(7): 3886-3893.
  • 9SHAPIRO B A , WU Jin-chu , BENGALI D , et al. The massively parallel genetic algo- rithm for RNA folding: MIMD implementa- tion and population variation[J]. Bioinformatics, 2001 ,17 (2): 137-148.
  • 10WIESE K C , DESCHENES A A , HEN- DRIKS A G. Rna Predict-an evolutionary algorithm for RNA secondary structure pre- diction [J]. IEEE/ ACM Transactions on Computational Biology and Bioinforrnatics, 2008 ,50): 25-41.

二级参考文献50

  • 1李兢,刘长林,申石虎.关于图的极大独立集的理论及生成方法[J].电子学报,1995,23(8):78-79. 被引量：3
  • 2张秀苇,邓志东,宋丹丹.RNA二级结构预测的神经网络方法[J].清华大学学报（自然科学版）,2006,46(10):1793-1796. 被引量：8
  • 3李伍举,吴加金.基于螺旋区随机堆积的RNA二级结构预测[J].生物物理学报,1996,12(2):213-218. 被引量：15
  • 4胡桂武,彭宏.基于免疫粒子群集成的RNA二级结构预测算法[J].计算机工程与应用,2007,43(3):26-29. 被引量：5
  • 5Wiese K C, Deschenes A A, Hendriks A G.RnaPredict --an evolutionary algorithm for RNA secondary structure prediction[J]. Computational Biology and Bioinformaties, 2008,5 ( 1 ) : 25-40.
  • 6Neehling M,Engelbrecht A EDetermining RNA secondary structure using set-based particle swarm optimization[C]//IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2006: 1670-1677.
  • 7Geis M, Middendorf M.A particle swarm optimizer for finding minimum free energy RNA secondary structures[J].Swarm Intelligence Symposium, 2007:1-8.
  • 8Zuker M,Mathews D H,Tumer D H.Algorithms and thermodynamics for RNA secondary structure prediction: a practical guide in RNA biochemistry and biotechnology[J].Barciszewski J, Clark B F C.NATO ASI Series.Dordrecht, NL: Kluwer Academic Publishers, 1999,70: 11-43.
  • 9Neehling M.Using SetPSO to determine RNA secondary structure[D].Pretoria:University of Pretoria,2008.
  • 10Cannone J J, Subramanian S.The Comparative RNA Web(CRW) site: an online database of comparative sequence and structure information for ribosomal, intron, and other RNAs[J].Bio Med Central Bioinformatics, 2002,3 ( 1 ).

共引文献6

赤峰学院学报（自然科学版）
2014年 第5期

相关作者

内容加载中请稍等...

相关机构

内容加载中请稍等...

相关主题

内容加载中请稍等...

浏览历史

内容加载中请稍等...
;
使用帮助 返回顶部