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基于加权粒子群算法的单体型装配问题

Weighed Particle Swarm Optimization for Haplotype Reconstruction Problem
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摘要 针对单体型装配问题的特点,提出一种求解该问题的加权粒子群算法。通过对DALY数据库ID13进行测试,表明算法有效性。同时,与基础粒子群算法和遗传算法进行比较,表明我们所设计的算法在单体型重构率上优于两者。 A weighed swarm optimization is proposed based on haplotype reconstruction problem’s characteristics.The algorithm presented is implemented on both ID13 and is compared with basic swarm optimization and the genetic algorithm.The comparative results indicate that the proposed optimization has much higher accuracy.
作者 杨英杰
出处 《电子测试》 2014年第8期35-36,31,共3页 Electronic Test
基金 贵州省科技厅项目(黔科合J字LKT[2012]24号) 铜仁学院自然科学基金(TS10018)
关键词 粒子群算法 单体型装配 遗传算法 particle swarm optimization haplotype reconstruction genetic algorithm
  • 相关文献

参考文献3

  • 1Daly M, Rioux J, Hudson T et al. High-resolution haplotype structure in human genome[J].Nature Genetics, 2001,29(2): 229-232.
  • 2Weiyi Qian et al ,Particle swarm optimization for SNP haplotype reconstruction problem,[J],Applied Mathematics and Computation, 2008, 196:266-272.
  • 3Rui-Sheng Wang et al. Haplotype cons:truction from SNP fragments by minimum error correction[J] Oxford University Press, 2005,21(lO):2456-2462.

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