基于高通量测序技术的虎杖EST-SSRs和EST-SNPs的开发及特征分析

目的:利用生物信息学方法,从虎杖转录组中开发SSRs、SNPs和In Dels标记。方法:从NCBI的SRA数据库下载虎杖RNA-Seq数据,经Trinity拼接后得到unigenes。用MISA软件搜索虎杖unigenes,对得到的SSRs位点信息进行特征分析并利用PRIMER 3软件设计SSRs引物。利用BWA/SAMtools/Var Scan流程开发虎杖SNPs和InDels标记。结果:从虎杖转录组中共搜索得到1 293个SSRs位点,经PRIMER 3设计引物后,共得到948个SSRs标记。同时利用BWA/SAMtools/Var Scan流程获得虎杖SNPs 375 579个,In Dels 13 029个。这些SNPs位点分布在16 186条unigenes上(共14.9 Mb),SNPs位点的密度为1/39.7 bp,核苷酸多样性(θ)为0.02519。6种类型的SNPs变异可以归为置换(233 061,62.1%)和颠换(142 518,37.9%)两类。结论:虎杖基因组积累了丰富的SSRs、SNPs和InDels变异,通过转录组测序获得了大量的虎杖EST-SSRs、SNPs、In Dels标记,为后续虎杖的遗传育种打下了基础。