申报出口退（免）税时的特殊情况应如何处理

问：我公司是一家生产企业,在申报出口退（免）税时遇到了以下四种特殊问题：一是今年6月份报关出口了一笔10000美元的货物,由于质量问题国外客户不能全额付汇,经商议后只按9500美元汇付.因此,我公司以此做了外销收入并开具了出口发票,但是却与报关单上的出口额10000美元出现了500美元（10000一9500）的差异,退（免）税申报该如何操作呢？二是我公司委托代理出口的货物是集中报关方式,对于无法取得报关单原件应如何申报退（免）税？三是由于海关在年初调整出口商品代码造成与年前申报的原代码不相符,那么应该如何进行出口退（免）税申报呢？四是我公司出口同一货物的多种零部件需要合并报关,应如何处理？