经批准的总分机构试点纳税人如何计算缴纳增值税

问：《财政部、国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第四十二条规定：“总机构和分支机构不在同一县（市）的,应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税;经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准,可以由总机构合并向总机构所在地的主管税务机关申报纳税.”但目前只有《财政部、国家税务总局关于部分航空运输企业总分机构增值税计算缴纳问题的通知》（财税〔2013〕86号）公布了经批准的中国国际航空股份有限公司等22家总机构和中国国际航空股份有限公司公务机分公司等158家分支机构名单.我单位是设在承德的一家物流分公司,主要从事货物运输代理服务、代理报关服务、仓储服务和装卸搬运服务,总机构设在上海,按照“营改增”政策,属于财税〔2013〕37号文附件1《应税服务范围注释》规定的物流辅助服务,应当根据该通知的规定缴纳增值税.如果我公司今后也被批准为可以按总机构合并向总机构所在地的主管税务机关申报纳税.请问,在这种情况下,总分机构试点纳税人如何计算缴纳增值税？