吸收投资取得的土地使用权,土地增值税清算时如何确定土地成本

问：A企业2004年取得一项土地使用权,支付土地出让金600万元,2008年按照评估价值2000万元对甲房地产公司投资,占股份50%.2010年,甲房地产公司补交土地出让金400万元后,改变了用地性质,经规划部门批准进行商品房开发.2013年,该项目达到土地增值税的清算条件,在清算时,对如何计算土地成本税企产生分歧;有人认为应当按照600＋400=1000（万元）,作为土地成本,有人认为应当按照2000＋400=2400（万元）作为土地成本.请问,哪种方法正确？