PCR-DGGE法检测大鼠胃肠道菌群结构的电泳条件探讨

目的:探讨PCR-DGGE技术检测大鼠肠道菌群结构的电泳条件,以获得更好的DGGE电泳图谱优化实验方法。方法:常规采集大鼠胃肠道各节段(胃、十二指肠、空肠、回肠、结肠)及内容物,提取细菌总DNA,采用细菌16s r DNA V3区通用引物进行PCR扩增,扩增产物在6种不同电泳条件下(分别为:200v、60℃、4h;150v、60℃、4h;150v、60℃、4.5h;150v、60℃、6h;150v、60℃、8h;85v、60℃、16h)进行DGGE分析并比较不同方法的优缺点。结果:同一样本在不同电泳条件下的PCR-DGGE图谱多样性指数、清晰度、条带数、位置等有显著性差异,其中以(200v、60℃、4h)条件下的分析效率最佳。结论:电压、温度和时间等电泳条件可影响PCR-DGGE图谱多样性指数、清晰度、条带数、位置,在本实验条件下以(200v、60℃、4h)的电泳图谱效果最佳。