投资者投资未到位而发生的借款利息支出能全额税前扣除吗

问：我公司是于2008年3月由甲、乙两家公司共同发起设立的.按照公司章程的约定,注册资本为4500万元,甲公司需投资2000万元,乙公司投资2500万元.注册登记时,甲公司的资金全部到位,而乙企业由于受金融危机的影响,出现了资金困难,只能以公允价值2000万元的商品、材料进行投资.而另外500万元直到2008年12月3日才到位.在2008年4月至12月间,为了保障企业的生产经营,我公司向金融机构借款2000万元,共发生借款利息90万元.我们认为,该笔借款属于向金融企业的借款,因而在进行2008年企业所得税汇算清缴时,我公司按照企业所得税法实施条例第三十八条的规定,将90万元的利息支出全额作了税前扣除.但是今年5月份,税务机关在对我公司2008年纳税情况进行检查后认为,我公司所发生的90万元借款利息支出不能全额扣除,只能扣除67.5万元,另外22.5万元必须调增应纳税所得额并计算缴纳企业所得税.我公司是向金融机构借款,并且税法也明确规定非金融企业向金融企业的借款利息支出是允许税前扣除的,那么税务机关为什么不允许我们将90万元的借款利息支出全额在税前扣除呢？