关于建筑业营业税的纳税地点问题

问：我公司作为总承包单位之一承建“武广高铁”项目,由于项目跨湖北、湖南、广州三省,分包单位较多,三省地税局均要求我公司代扣代缴分包单位税金,分包单位凭代缴税金证明到注册地税务机关开具发票.但是,由于分包单位注册地税务机关又提出应到营业税缴纳地开具发票,我公司因此无法取得分包单位的发票.不得已,我公司根据以票控税和实质重于形式的原则,要求分包单位提供了所得税完税凭证,想以此证明本项目应纳税金已全部缴纳完毕.请问,我们这样做,税务机关还会不会因为没有发票而对我公司进行处罚？