施工合同无效,相关费用如何处理

案情介绍2011年8月某科技开发区对开发区内C区、D区进行工程招标,A公司参加此次招标活动。2011年9月,A公司与B公司签订C区《施工合同补充协议》及《施工合同补充协议二》,D区《施工合同补充协议》及《施工合同补充协议二》。