蓖麻蚕核型多角体病毒的miRNAs生物信息学预测

首先在Gen Bank中下载蓖麻蚕核型多角体(Phcy NPV)全基因组序列,通过生物信息学的方法预测表明,Phcy NPV基因组中有142条miRNA成熟体分子;再用miRanda、RNAhybird 2个软件预测miRNAs对病毒自身的靶基因,提取有共同交集的33条miRNA。用Phcy NPV感染蓖麻蚕,取感病蓖麻蚕的脂肪体组织,提取总RNA;用逆转录PCR(reverse transcription PCR,简称RT-PCR)验证有共同交集的33条miRNA,确定其中6条为miRNA成熟体序列,分别是Phcy-miR-996_5p、Phcy-miR-696-5P、Phcy-miR-664_3p、Phcy-miR-30_5p、Phcy-miR-217_5p、Phcy-miR-1483_3p。这6条可能的miRNA对应的靶基因涉及病毒的融合蛋白、多角体蛋白等结构蛋白,以及一些蛋白激酶包括激活解旋酶表达的极早期基因等,推测其潜在的靶基因参与病毒复制及侵染的重要过程。