重庆株山羊口疮病毒的分离鉴定与F1L基因片段的克隆及序列分析

为了对重庆地区山羊口疮病毒进行分离鉴定,初步分析克隆病毒F1L基因全长序列的结构与功能,试验采用MDBK细胞培养技术,分离纯化羊口疮病毒,并对其进行间接免疫荧光和扫描电镜分析,同时依据NCBI中公布的山羊口疮病毒基因序列设计引物,利用PCR技术扩增F1L全长基因序列,测序后应用生物学软件进行分析。结果表明:扩增的F1L基因全长为1 023 bp,共编码340个氨基酸,与shanxi株(登录号HQ221964)同源性最高(98.4%),在遗传进化树中也与其聚为一簇,其对应的氨基酸序列中,α螺旋和β折叠结构较少,β转角和无规则卷曲结构较多;亲水性区域较多,抗原指数高,存在多处优势抗原表位。