象草CpCCoAOMT2基因的克隆及生物信息学分析

从象草中克隆了CpCCoAOMT2基因,并对其进行了初步的生物信息学分析。利用转录组测序获得的表达序列信息,设计1对特异性的PCR引物,应用RT-PCR技术从象草中扩增出CpCCoAOMT2基因。对获得的基因进行序列同源性搜索、结构域搜索及3D结构预测、分子系统进化树构建等生物信息学分析。测序结果表明,CCoAOMT2基因全长926 bp,含110 bp的5'-UTR、741 bp的CDS和75 bp的3'-UTR,共编码246个氨基酸,Gen Bank登录号为Bank It1975804;Blastn和Blast T分析结果显示,CpCCoAOMT2基因及其编码的蛋白在核苷酸水平和氨基酸水平上与多种植物的CCoAOMT基因和CCoAOMT蛋白具同源性;预测CpCCoAOMT2蛋白相对分子质量为27 253,等电点为5.08,是一个不含跨膜结构域、不含信号肽分子的亲水性、稳定蛋白。分子进化树分析结果表明,CpCCoAOMT2蛋白与禾本科植物的CCoAOMT蛋白亲缘关系最近,与裸子植物和蕨类植物关系较近,而与双子叶植物的关系较远。