基于EST序列的甘蔗SNP发掘及分析

从NCBI中的EST数据库下载已公布的甘蔗EST序列28 512条,利用DNAStar软件中的Seqman程序进行叠连群构建,EST序列共构建3 449个叠连群,从中筛选出93个叠连群,长度共计105 385 bp,发现候选SNP位点1 449个,SNP平均出现频率为1.37%,共有74个contigs含有SNP位点,平均每个contig含有19.58个SNP位点,含有SNP位点数最多的1个叠连群有229个SNP候选位点,不同的叠连群含有的SNP位点数量差异较大,但转换类型与颠换类型所占比例很接近。本研究所用的叠连群的总长度是105 385 bp,平均72.93 bp含有1个SNP位点。