化州柚SCoT-PCR反应体系的优化及分类鉴别研究

Study on classification and identification of Citrus maxima cv. tomentosa and orthogonal optimization of its SCoT-PCR reaction system

用目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,简称SCoT)分子标记对化州柚及其近缘种进行鉴别研究。为构建适合化州柚的SCoT-PCR最佳反应体系,对PCR体系的5大要素采用L_(25)(5~6)表设计正交试验,得到最佳20μL反应体系:3 mmol/L Mg^(2+)、0.25 mmol/L d NTPs、0.75 U Taq酶、0.4μmol/L引物、50 ng DNA。从36条引物中筛选出6条多态性明显的引物并优化其退火温度。最后用优化的6条引物对25份样品进行扩增,共扩增出94条条带,其中多态性条带69条,多态性比例范围55.56%~85.00%,平均多态性73.4%。构建的非加权配对算术平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,简称UPGMA)聚类树能够较好地区分化州柚与其他柚类,且不同品种的化州柚间也存在一定的差异。因此在化州柚的分类鉴别研究中,SCoT标记不失为一种便捷、有效的手段。