基于高通量测序的半夏变异珠芽转录组分析

Transcriptome analysis of Pinellia ternata mutant based on high throughput sequencing

基于三叶半夏叶基部长珠芽与不长珠芽两个组织转录组测序数据的基础上,筛选和分析出差异表达的基因(differential expressed gene,DEG)。利用高通量测序技术,借助RPKM(reads per kilo base of exon model per million mapped reads)方法计算半夏转录组测序获得的unigene在半夏叶基部长珠芽和不长珠芽中的表达量,根据叶基部长珠芽和不长珠芽之间RPKM的log2倍数绝对值大于1且错误发现率小于0.05筛选DEGs,比对至NR、GO、KEGG等数据库注释,找出参与半夏珠芽激素合成和信号传导过程的DEGs。结果表明,筛选出符合条件的DEG共13 656条,包括6 139条表达上调的DEG和7 517条表达下调的DEG。比对到GO和KEGG数据库,分别获得了4 595和3 551条注释信息。涵盖GO数据库的50个功能亚类和KEGG数据库的239条代谢途径。在挖掘到的31个与半夏珠芽激素合成和信号传导过程的DEG中,6个为上调表达基因,11个为下调表达基因。本文通过转录组测序数据较全面地提供了半夏叶基部长珠芽和不长珠芽基因的差异表达情况,为半夏珠芽功能基因的克隆和功能分析等提供了研究基础和理论依据。