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基于蛋白质相互作用界面的比对算法研究

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摘要 蛋白质相互作用界面是蛋白质相互作用产生的物理载体。考虑蛋白质相互作用界面间的结构相似性对于研究蛋白质功能,信号传导网络和药物设计具有非常重要的意义,而现有的蛋白质结构比对算法仅适用于蛋白质单体的全局空间结构。我们给出了基于整数二次规划模型的方法来考虑蛋白质相互作用界面的比对问题,该方法整合了蛋白质序列的进化信息、结构信息,并用进化谱的相似性来对比对上的残基打分以衡量其进化保守性。通过计算实验,发现进化上和结构上保守的残基有可能就是对于蛋白质结合起重要作用的残基,即热点。
作者 樊毅默
出处 《电脑知识与技术(过刊)》 2013年第5X期3410-3412,共3页 Computer Knowledge and Technology
  • 相关文献

参考文献5

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  • 4Cunningham,B.C.,Wells,J.A.High-resolution epitope mapping of hGH-receptor interactions by alanine-scanning mutagenesis[].Science.1989
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