如何处理因土地使用条件调整而引发的合同纠纷?

案情简介:某市的景观大道扩建过程中,X 单位在征拆部门的要求下,采用了先行让地施工后完善征拆补偿手续的方式,办理了其名下仓储用地的征收补偿手续。征拆部门根据征地补偿协议约定将补偿款汇入该单位账户,但由于该单位对补偿面积、补偿金额等内容有异议,因此一直未办理该仓储用地的不动产变更登记手续。后因转型发展需要,X 单位向该市国土资源局申请办理此地块的调整用地和容积率的用地手续。