苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析

Analysis of SSR loci and gene function annotation in transcriptome of Sophora flavescens

分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤,利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装,之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估,并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame,简称ORF);利用MicroSAtellite(MISA)软件对无冗余独立基因(unigene)进行SSR搜索。利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息;使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点,分布于7 339条unigene中,总体上unigenes序列中SSR占比为2.16%,SSR位点平均间隔是5.28 bp,其中占比最高的是单核苷重复基序,为50.53%;其次是出现频率分别为22.28%、24.73%的二、三核苷酸。苦参转录组中SSR类型众多,出现频率高,在后续的苦参遗传性状分析,及次生代谢(苦参碱和黄酮等次生代谢产物)途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力。