基于DNA池重测序技术的肉兔HSFs基因多态性分析

Polymorphism Analysis of HSFs Gene in Meat Rabbit Based on the DNA Pools and Re-sequencing Technology

实验旨在研究肉兔热休克因子(HSFs)基因的遗传多态性并寻找耐热性相关分子标记。基于DNA池重测序技术获得SNPs数据,筛选HSF1(SNP1～SNP3)及HSF4(SNP4)上所有的错义突变,利用直接测序法对齐卡巨型兔、齐兴肉兔、加利福尼亚兔、四川白兔以及闽西南黑兔5个肉兔品种(系)共150个个体进行基因分型。结果发现:SNP1和SNP2完全连锁,SNP3呈假阳性,SNP1、SNP2及SNP4的遗传变异处于中等水平,且在群体间分布差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01);SNP1的GG型与单倍型H3的分布与群体间耐热性能的高低一致,其中耐热性最好的四川白兔和闽西南黑兔在SNP1上为GG纯合体、优势单倍型为H3,耐热性次之的齐兴肉兔和加利福尼亚兔的优势基因型和单倍型分别为GG和H3,而耐热性最差的齐卡巨型兔则分别为GA和H2。以上结果表明,HSF1基因SNP1上的GG型及单倍型H3可能是肉兔重要的耐热分子标记。